Diğer tarafdan Sultan Mes'ûd Selçukluların artık kendi devleti için ne kadar büyük bir tehlike olduğunu anlamış ve onlar üzerine sefere çıkmıştı. Nihayet Sultan Mes'ûd ilk iki savaşta Selçukluları mağlûp etmeğe muvaffak oldu (1039). Ancak bu Gazneliler için Selçukluları tamamiyle itaat altına alabilecek kesin bir zafer değildi. Bu bakımdan Selçuklulara barış teklif edildi. Selçuklular tarafında da kabul edilen bu teklife göre; Gazneli ordusu Herât'a gidecek, Nesâ, Bâverd, Fevâre şehir ve hududları Selçuklulara teslim edilecek, Selçuklular ele geçirmiş oldukları Nîşâbûr, Serahs ve Merv'i tahliye edeceklerdi.
İki tarafın da bu geçici barışı kabul etmelerinin sebebi, dinlenmek ve yeniden savaşa hazırlanmaktı. Selçuklular barış şartlarına uymadıkları gibi, Gazneli topraklarına yeniden akınlara başladılar. Sultan Mes'ûd tekrar Selçuklulara karşı harekete geçti. Selçuklular ile Gazneliler arasında devam eden savaşların en büyüğü ve önemlisi Merv civarındaki Dandânakan kalesi yakınında oldu. Selçuklular Sultan Mes'ûd idaresindeki ordu karşısında kesin sonucu alarak Gaznelileri hezîmete uğrattılar (24 Mayıs 1040). Dandânakan savaşını kazandıktan sonra Selçuklu Beyleri toplanarak Tuğrul Bey'i "Horasan Emîri" ilân ettiler. Artık Horasan'da tamamen bağımsız bir devlet kuruyorlar ve büyük bir imparatorluk için ilk adımlarını atıyorlardı. Ayrıca devrin âdeti gereğince civardaki hükümdarlara zaferlerini bildiren "fetih-nâmeler" gönderdiler.
Selçuklu reisleri aynı ay içinde Merv şehrinde toplanan Kurultay'da bir araya gelerek mühim kararlar aldılar. Bu toplantıda alınan kararlardan birisiyle Abbâsî Halîfesi Kâim bi-Emrillâh'a sâdık olduklarını ve Horasan'da adaleti tesis edeceklerini bildirdiler. Bundan sonra Selçuklular hâkim oldukları ve ayrıca ilerde ele geçirmeyi tasarladıkları ülkeleri yine eski Türk geleneği gereğince bölüştüler. Bu bölüşmeye göre; Tuğrul Bey "sultan" sıfatı ile Nîşâbûr'u alarak batıya Irak tarafına gidecekti. Çağrı Bey'e "Melik" unvanı ile merkez Merv olmak üzere Ceyhun ile Gazne arasındaki bölge, Mûsâ Yabgu'ya, Büst, Herat ve Sîstân havâlisi verildi. hânedâna mensup şehzâdeler de birer bölgenin zabtı ile görevlendirilmişlerdi. Selçuklular bu esas üzerine fetihlere giriştiler ve bu sür'atle gerçekleştirdiler.
Çağrı Bey Gaznelilere karşı başarılı savaşlar yaparak, onları Horasan'dan tamamen uzaklaştırdı. Bir Gazneli ordusunu mağlûp ederek Belh şehrini ele geçirdi (1040 yılı sonbaharı). Tuğrul Bey ile beraber Hârezm'e yürüdüler ve ezelî düşmanları Şâh Melik'i mağlûp ederek, geçmişte uğradıkları baskının acısını çıkardılar ve Harezm ülkesini Selçuklu Devleti'ne bağladılar (1043). Daha sonra Çağrı Bey oğlu Alp Arslan'ın yardımı ile başarısını sürdürdü ve Karahanlıları mağlûp etti. Ele geçirdiği bölgelerde Selçuklu hâkimiyetinin tanınması ve buralara Karahanlıların saldırmamaları şartı ile başarılı bir anlaşma yaptı (1050). Çağrı Bey ayrıca Gazneliler sultanı İbrâhim ile de Hindikuş dağları arada sınır olmak üzere anlaştı (1059). İki devlet arasındaki bu anlaşma yarım asır kadar devam etmiştir. Selçuklu Devleti'nin kuruluşunda büyük rolü olan Çağrı Bey yetmiş yaşında Serahs şehrinde öldü (1060).
Ailenin en büyüğü Mûsâ Yabgu, Dandânakan savaşından sonra Herât'ı zabtetti (1040). O Sistân bölgesini idaresi altında bulunduruyor ve daha çok Herât'da oturuyordu. Ancak onun hânedânın öteki üyeleri kadar başarılı olmadığı anlaşılıyor. Nitekim 1064 yılında Sultan Alp Arslan'a isyan etti. Neticede Herât kalesinde yakalanarak Alp Arslan'ın yanına götürüldü ve böylece siyâsî hayâtı sona erdi.
